Tatsächlich ist Enfold eine schlechte Wahl für dein Beispiel, denn der Layout Editor den ich in in dem Theme verwende, und der einen Großteil der Features verantwortet, ist ein selbst geschriebenes Plugin welches ich mittelfristig auch gern als standalone Variante anbieten möchte.
Zugegeben könnte es wohl nen tick easier sein das Plugin zu extrahieren wenn man Theme wechseln will aber das wird auch noch :)
Wie man daran erkennt bin ich also grundsätzlich mit dir einer Meinung, Funktionalität sollte in Plugins wandern. Ist auch generell der Trend auf Themeforest und wird auch dort zur Vorraussetzung für Themes werden.
Als jemand der mittlerweile einen recht guten Überblick darüber gewonnen hat was die User auf Themeforest für ein skillset haben kann ich dir aber sagen dass die Meisten so wenig Ahnung von Webdesign haben dass es für sie nicht möglich ist ohne fremde Hilfe plugin styles zu überschreiben um ein Plugin optisch komplett an ein neues Theme anzupassen. Es scheitert an einfachen CSS Kenntnissen.
Was allerdings jeder kann ist content im editor mit neuen Shortcodes formatieren. Die frage ob features via plugins geadded werden wird mir pro Jahr vielleicht ein oder zweimal gestellt. Ich bin also zu dem Schluss gekommen dass es, obwohl es eine nette best practice ist, für die meisten User doch komplett irrelevant ist ob ein feature im theme framework oder als plugin eingebunden wird. Für mich ist diese Diskussion also theoretischer Natur und hat mit der Wirklichkeit (leider) recht wenig zu tun :)